Το 1999, αποφασίζεται, από το Σωματείο «Οι Φίλοι του Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα», η δημιουργία ιδρύματος με τίτλο «Ίδρυμα Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα» (ΙΜΜΑ). Παραχωρείται σε αυτό το μεγαλύτερο μέρος της περιουσίας του και όλων των κειμηλίων, ενώ το Σωματείο συνεχίζει τη λειτουργία του με σκοπό την υποστήριξη του ΙΜΜΑ. Το Ίδρυμα αναλαμβάνει το κύριο βάρος, αφενός της διατήρησης και διάδοσης της μνήμης των αγώνων του ελληνισμού για την απελευθέρωση της Μακεδονίας και ιδιαίτερα του Μακεδονικού Αγώνα, και αφετέρου την επιστημονική μελέτη της νεότερης ιστορίας της Μακεδονίας. Για την προώθηση αυτών των σκοπών το Ίδρυμα λειτουργεί με δύο βραχίονες: -Τον εκθεσιακό χώρο του Μουσείου, που συγκεντρώνει, διασώζει και εκθέτει κειμήλια, προσωπικά αντικείμενα, αρχεία και φωτογραφίες σχετικά με την ιστορία της Μακεδονίας κατά τον 19ο και 20ό αιώνα και κυρίως με τον Μακεδονικό Αγώνα. -Το Κέντρο Έρευνας Μακεδονικής Ιστορίας και Τεκμηρίωσης (ΚΕΜΙΤ), που έχει ως σκοπό την επιστημονική μελέτη, παρουσίαση και διάδοση της νεότερης ιστορίας της Μακεδονίας. Τον Δεκέμβριο του 2020 εγκρίνεται η μετονομασία του Ιδρύματος σε «Ίδρυμα Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα και της Νεότερης Ιστορίας της Μακεδονίας» (ΙΜΜΑ).
.png){kind=logo}